SMA Negeri Siwalima diresmikan tanggal 1 Agustus 2006 oleh Gubernur Maluku Karel A. Ralahalu didampingi oleh Kepala Dinas Pendidikan dan Olahraga Provinsi Maluku. Bapak Drs. Ismael Titapela, M.Pd. Walikota Ambon Bapak Drs. M.J. Papilaya, M.S dan Bupati Kepulauan Aru Bapak Teddy Tengko.

Dalam perjalanan waktu, maka sekolah ini memperoleh ijin operasional sesuai denan Surat Keputusan Walikota Ambon Nomor 180 tahun 2007 tertanggal 5 April 2007 dengan nama SMA Negeri Siwalima sehingga beroperasi sebagai salah satu Sekolah Menengah Atas di Kota Ambon.

Pada tanggal 01 Agustus Tahun 2009 Sekolah ini statusnya kembali ditingkatkan secara resmi oleh Sekretaris Daerah Ibu Ros Far Far yaitu dari sekolah Kategori Mandiri menjadi Sekolah bertaraf International (RSBI).

Pada tanggal 31 Januari 2012 sekolah ini diserahkan sepenuhnya oleh Bapak Richard Louhenapessy selaku Walikota Ambon kepada Bapak Karel A. Ralahalu selaku Gubernur Maluku. berlokasi di Jl. Wainapu, Waiheru Ambon. Luas lahan  sebesar 7866 m2 .

Sebagai sekolah berasrama (Boarding School), memiliki 12 rombongan belajar dengan jumlah peserta didik sebanyak 303 siswa yang berasal dari 11 Kabupaten/Kota di Provinsi Maluku. Terakreditasi A dan berbasis Sains. Telah melaksanakan Kurikulum 2013 sejak tahun 2013 sebagai Pilot Project, Sekolah Mandiri, Sekolah Rujukan dan menjadi Sekolah Model Kurikulum 2013 di Provinsi Maluku.